民航發展基金屬于“政府性基金”，入上繳中央國庫，專款專用。“政府性基金的前身，其實是政府的預算外收入。”人民大學公共管理學院教授黃燕芬告訴人民網記者，現行的政府性基金中包含的養路費、車輛購置附加費、港口建設費等費用，過去均屬于預算外單列收費，“按道理這些公共事業支出應該全部由財政支付，但90年代財政相對困難，不能全額負擔，于是以專項收費的方式來彌補。”機場建設費和民航基建費的這兩項收費已經納入預算管理。近十年來經濟高速發展，國庫相對充實，財政收入漲幅連年超預期，是否意味著這些專項收費已經可以回歸歷史？以民航為例，多數機場是由地方運營，但近年來地方支出遠遠超過收入，債臺高筑，其基礎建設資金可能仍然存在不小的缺口。“政府性基金是我國政府在改革中出現的一種階段性現象，現在也是迫于無奈，各地基建項目資金缺口那么大，不得不通過收費來彌補。但隨著公民社會逐漸建立，大家都有了很強烈的公民意識，站在公民的角度就會問，‘我應不應該交這個費用？’這種質疑是可以理解的。”“而且我既然交了這個費用，我就要求政府要公開——你花在哪些地方，賬本能不能給我們看看？”
北京大學法學院教授王錫鋅認為，對民航發展基金收取的質疑可以分解為兩個問題：收費的依據足不足，合不合法？收上來之后如何管理、審計、公開？“第一個問題其實與基金這個名稱無關，屬于收費本身的問題。”王錫鋅說，按目前慣例，這類事業性收費歸口由財政部管理，因此民航發展基金征收辦法由財政部制定是符合慣例的。但如果嚴格按《立法法》第八條的規定，“對非國有財產的征收”必須通過由全國人大及其常務委員會制定的法律來實現。這種“基金”的性質有待進一步研究。“這種收費和稅收一樣，都是有強制性的，你非交不可。但是稅有稅法來規制，那么這種收費是不是也應該由法律來規定？”
作為民航發展基金的前身，機場建設費的征收始于1992年，歷經逐步合法化過程，但一直面臨各類爭議。近年因并入預算表，開始公布年度總收入，其總量之大也進一步引起了關注。據媒體報道，僅首都機場一家，去年上半年的機場建設費收入即占總收入的17.43%，如以純利潤計算占比則更高。旨在補貼虧損的事業收費，似乎幻化出了名為“利潤”的另一張面孔，看起來讓人難以接受。黃燕芬認為，這是由于機場承擔了一部分公共事業職能，同時又是商業公司，身份模糊所致，應當厘清其中界限，“包括這部分基金，是不是干脆就以商業化方式來運作，如發行債券等，通過市場來融資？這些問題還需要進一步研究。”既然名為基金，要以基金形式運營這筆資金，就必須將其收支明細公開，使外界公眾均可參與監督，以保證其“專款專用”的性質不折不扣地實現。
請查閱《辦法》全文，其中第四條規定：“民航發展基金征收、使用、管理等應當接受財政、審計部門的監督檢查。”具體到監督檢查方面，則主要由財政部和各地財政部門“對民航發展基金征收、使用和管理情況進行監督檢查，督促各航空公司及時足額上繳民航發展基金。”目前尚無條款涉及明細公開、公眾監督等內容。
